廣州艾基生物技術(shù)有限公司
Guangzhou IGE Biotechnology Co., Ltd.
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服務(wù)介紹 Service Introduction
近年來，病原微生物的基因組研究取得了飛速的發(fā)展。所謂基因組研究是指對(duì)微生物的全基因進(jìn)行核苷酸測(cè)序，在了解全基因結(jié)構(gòu)基 礎(chǔ)上，研究各個(gè)基因單獨(dú)或數(shù)個(gè)基因間相互作用的功能。通過基因組研究，從根本上揭示了微生物的全部基因，不僅可發(fā)現(xiàn)新的基因間相 互作用，新的調(diào)控因子等，這一研究將使人類從更高層次上掌握病原微生物的致病機(jī)制及其規(guī)律。從而得以發(fā)展新的診斷、預(yù)防及治療微 生物感染的制劑、疫苗及藥品。
根據(jù)研究目的不同，微生物基因組測(cè)序主要分為四種類型：微生物基因組調(diào)查、微生物基因組框架圖、精細(xì)圖和完成圖。我公司利用 illumina 平臺(tái)進(jìn)行細(xì)菌基因組測(cè)序，采用短片段高覆蓋度測(cè)序，結(jié)合 illumina 末端配對(duì)測(cè)序，為不同測(cè)序研究提供個(gè)性化方案。
組裝評(píng)估標(biāo)準(zhǔn) Assembly Evaluation Standard
服務(wù)種類 | 完成標(biāo)準(zhǔn) |
微生物基因組調(diào)查 | 測(cè)序深度達(dá)到50X |
微生物基因組框架圖 | 基因組覆蓋度大于95%，基因區(qū)覆蓋度大于98% |
微生物基因組精細(xì)圖 | 基因組覆蓋度大于98%，基因區(qū)覆蓋度大于99% |
技術(shù)流程 Technical Procedures
生物信息學(xué)分析 Bioinformatics Analysis
生物信息學(xué)分析 | |||
基因組調(diào)查信息分析 | 基因組精細(xì)圖信息分析 | 基因組框架圖信息分析 | 基因組完成圖信息分析 |
原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) | 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) | 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) | 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) |
序列的初步組裝 | 序列組裝 | 序列組裝 | 序列組裝 |
基因組大小的預(yù)測(cè) | ORF 預(yù)測(cè)和基本功能注釋 | ORF 預(yù)測(cè)和基本功能注釋 | ORF 預(yù)測(cè)和基本功能注釋 |
GC 含量和重復(fù)序列的預(yù)測(cè) | 完成圖繪制的建議 | 精細(xì)圖繪制的建議 | 比較基因組學(xué)和功能基因組學(xué)的分析 |
樣品要求 Sample Requirements
實(shí)驗(yàn)類型 | RNA樣品總量 | 樣品濃度和純度 | 樣品保存 | 樣品選擇 |
微生物基因組denovo測(cè)序 | 小片段文庫樣品制備需要總量 3 μg 的樣品，mate-pair 文庫（2 kb、5 kb、10 kb）樣品制備需要 10-50 μg 的樣 | 樣品濃度 >100 ng/μl，OD260/280 介于 1.8-2.0 之間，無肉眼可見污染 | 請(qǐng)選擇干粉、酒精、TE 或超純水的保存方式之一。 | 對(duì)于細(xì)菌和真菌樣品，希望盡量來自于同一個(gè)菌株，不要有宿主 DNA 污染 |
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