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服務(wù)介紹  Service Introduction

        基因組de novo 測(cè)序，即基因組從頭測(cè)序，是指不依賴(lài)已知的基因組序列信息，對(duì)某個(gè)物種的全基因組序列進(jìn)行測(cè)序，然后利用生 物信息學(xué)手段對(duì)測(cè)序序列進(jìn)行拼接、組裝，從而獲得該物種的全基因組序列圖譜。全基因組序列圖譜的構(gòu)建將全面加深對(duì)該物種起源進(jìn)化 以及對(duì)特定環(huán)境適應(yīng)性過(guò)程的理解，為今后在該物種內(nèi)發(fā)現(xiàn)新基因以及物種改良起到巨大的作用，為基因組學(xué)研究搭建一個(gè)高效的平臺(tái)； 為后續(xù)的基因挖掘、功能驗(yàn)證提供 DNA 序列信息。

       通過(guò)漫長(zhǎng)的物種形成和進(jìn)化，不同的物種基因組的雜合度和基因組上的重復(fù)區(qū)域不盡相同。一般雜合度不超過(guò) 0.5%、重復(fù)序列含量 不超過(guò) 50%、GC 含量為 35% 到 65% 之間的單倍體或二倍體動(dòng)植物基因組定義為簡(jiǎn)單基因組。而動(dòng)植物復(fù)雜基因組是指 GC 含量小于 35% 或大于 65%，重復(fù)序列高于 50% 或雜合率大于 0.5% 的二倍體或多倍體的動(dòng)植物基因組。

       利用 illumina 測(cè)序技術(shù)，構(gòu)建插入片段大小為 180 bp、300 bp、500 bp、2 kb、5 kb、10 kb、20 kb 等大小不同的測(cè)序文庫(kù)， 進(jìn)行 125 bp/150 bp/250 bp 的雙末端測(cè)序。其中插入片段長(zhǎng)度超過(guò) 1 kb 的文庫(kù)稱(chēng)之為 mate-pair 文庫(kù)，長(zhǎng)片段文庫(kù)的構(gòu)建便于基因組 組裝過(guò)程中的重復(fù)序列定位。當(dāng)測(cè)序的總體深度達(dá)到 70× 以上時(shí)，即可保證基因組拼接所需數(shù)據(jù)及序列中單堿基的準(zhǔn)確性。

技術(shù)流程 Technical Procedures

提供的服務(wù) Services

   基因組調(diào)查：評(píng)估基因組的 GC 含量、重復(fù)度、雜合度，并估計(jì)基因組的大小。 

   基因組拼接統(tǒng)計(jì)：拼接統(tǒng)計(jì)，包括原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、測(cè)序深度、Contig N50、Scaffold N50、基因組 GC 含量等。 

    基因組注釋及基因功能分類(lèi)：包括基因預(yù)測(cè)、功能注釋、ncRNA 注釋、重復(fù)序列分析以及 GO 分類(lèi)、KEGG 通路分析。

     比較基因組及進(jìn)化分析：核苷酸水平共線性分析，氨基酸水平共線性分析，基因簇分析以及進(jìn)化關(guān)系。

組裝評(píng)估標(biāo)準(zhǔn) Assembly Evaluation Standard

樣品要求  Sample Requirements